فاصلهی این کاوشگر هر ۵۳ روز با سیارهی مشتری در منطقهی قطب شمال آن کم میشود و کاوشگر سفری ۲ ساعته را از این نقطه به قطب جنوب آن آغاز میکند. در خلال این پروازهای ارتفاع پایین، کاوشگر جونو به مطالعهی ابرهای مرموز پوشانندهی مشتری و شفق قطبی آن میپردازد تا اطلاعات بیشتری در مورد منشاء، ساختار، جو و لایهی بالایی آن ثبت کند.